有鑒於國際海員、台灣漁民歷年來遭受海難、喋血、扣押之事態嚴重，基於仰與人道關懷立場。總會自一九八五年二月起由總會派員在高雄進行資料收集與漁民關懷家屬的工作。經過一年的關注行動，一九八六年四月二十七日在旗津漁市場邊正式成立「台灣基督長老教會海員漁民服務中心」，為海員漁民爭取權益、法律支援、協調漁民與船東爭議事項、營救遭扣船
隻、關懷家屬、急難救助、船上及醫院訪視等，關懷弱勢海員漁民及其遺孤。
近年來更積極從事全面漁村社區關懷：漁民子弟二代工程、漁村婦女服務及亞洲港口救援網絡的建立等工作，對弱勢海員漁民及家屬做全面照顧協助。
